星期日, 11月 30, 2008

【研究】2.00 SAS基礎篇 : 在開始sas之前

老師或老闆常常會說,“就跑一跑SAS就好啦!!“
其實這是奇怪的一句話,但大家都約定成俗的了解他的意思。
或其實不了解。
SAS是一個程式,表面上的意思是去run這個程式,但其實他真正的意思應該是將資料作一下統計分析。
所以其實最終目的是要做統計分析,而SAS只是一個工具。
因此可以做這樣分析的軟體很多,甚至用手算也是一個方法。
但隨著年紀增長,計算能力成反比的衰退,勢必用手算也只是增加實驗的誤差。
利用計算程式就可以達成的部份,我們就別為難自己了。
能做這件事的程式很多,EXCEL, SPSS, STATE, P-project......當然還有SAS。
如果你問我為什麼要用sas,其實原因很簡單,因為我只會用sas XD。
撇開真實的玩笑話,SAS是目前生物醫學研究領域大家慣用的統計分析軟體,因此我就學了這一套。
其他例如SPSS是社科領域慣用的,R-project是網路上正興起的一套。
如果你的資料量不是很龐大,或只是交一個學期報告,並不是要投稿發表的文章,使用比較容易入手的EXCEL,其實也是一個不錯的選擇,但這一篇文章並不會探討EXCEl。
因為我真的不會使用XD。

在開始學著打簡單的程式語言前,你必須先入手這一套軟體。
但他是一個昂貴的軟體,但在台大的我們,很幸運的,你只要到系辦公室或院辦公室,就可以得2到這一套軟體。
安裝好之後,就可以準備看2.01了。
但在這邊提醒大家,sas只是一個工具,重要的還是你的試驗設計。
在了解你的試驗的狀況下,你才能對你的數據做充分且正確的解釋。

星期五, 11月 21, 2008

【生活】薩爾瓦多的香氣


一個全然沒有概念的國家,也不知道會是什麼樣的味道。
老闆說,這咖啡在書上的評語是“詭計多端的“。
用這樣的形容詞其實還蠻有趣的,尤其是形容一個物件。
給予了咖啡生命力。
外型小小圓圓的,老闆說這也是比較稀有的品種。
香氣則是每天在變化,味道試了兩天,也是如女人一般,多變的美麗。
目前喝起來果酸味頗多,應該是小天的愛。
繼續品嚐剩下的吧,是否被詭計所迷惑。

星期四, 11月 20, 2008

【研究】1.03 研究工具篇:老闆可能不知道的事

這是一個資訊爆炸的時代,被動的接受資訊已經沒辦法滿足對最新資訊的需求(或者說沒辦法滿足老闆或研究)。
常常在報告時,老師就會問這是最新的報告嗎?
有些老師會定時搜尋一些Topic,過定時去逛一些journal,掌握某些領域最新的資訊。
然後就會跟學生說,自己要掌握最新的資訊。
但新時代有新做法,我們可以把這些資訊利用新科技叫他自己送上門。
先說一個比較舊的方法:mail alert

Mail Alert
其實就是訂閱電子報,有些網站只有提供Alert的功能,你就跟他訂閱妳想看的部份,有新期刊出現就會寄到你信箱,只要定期查閱就OK了。
如果只說這個就遜掉了,我要說的是統合式的mail alert。
有些journal自己並沒有網站,而是交給某一網站託管,例如:ScienceDirect.
他的mail alert等於是加強板的,你可以選擇某一個關鍵字,例如:nutrition。
他定時會將這陣子所出來的期刊,做搜尋的動作,或你依照他的分類選擇也可以。
他等於就是在做你老闆在做的事,只是當你設定好了,他就會自動奉上。

RSS or Feed or Atom
其實這也是電子報,只是稍稍不同。
有提供rss服務的期刊,他都會在網站裡有rss的按鈕。
我們以nature為例: 

在網頁的右邊有一堆連結

這些連結都是同一個目的,就是要把paper送到你手上。
但我要說的是live newsfeed這一個,用力把他按下去。

有些網站只有一種服務,就會直接跳到下一個頁面,但nature畢竟是nature所以麻煩選擇其中一個再按一次。

由於我所使用的瀏覽器是Mac的safari,跟ie or firefox可能有點不同,但網址應該是類似的,也就是feed://XXXXXX.XXXXX。把這個網址加入我的最愛。
當你打開你的書籤或我的最愛,你可以發現類似這樣的狀況,在你訂閱的期刊後面,會有括號,裡面的數字就是新出的文章,你尚未閱讀。
因此你可以找幾個相關領域的journal加入追蹤。
有些Blog也有提供rss服務,可以第一手得知某人的訊息。
新時代,新做法,有些老闆也許知道啦。
跟你老闆分享一下也不錯。

星期二, 11月 18, 2008

【研究】1.02 研究工具篇:工具網站

Protocol online
據說是一個麻省理工的研究生,某一天突然覺悟,發現浪費很多時間在找protocol,於是收集了一些資訊,架設了這個網站,之後越來越多的protocol就上傳在這邊,裡面東西真的非常的多,甚至有些是實驗室自己的撇步,同一個做法有許多不同步驟,可以一次參考很多不同人的心血結晶。

Google系列

上一篇已經介紹過他了,這個連結是英文的,所以部份的英文書籍,也可以在這邊找到。
這也不用多說了,PubMed找不到想要的資料,可以來這邊碰碰運氣。
這是一個有關專利的一個功能,其實還在測試階段,為什麼會找到呢?首先我在ATCC找到一株菌,沒有相關文獻,只有說可以產Homoserine,正在煩惱找不到基本資料時,結果看到在ATCC的參考文獻有一串號碼U.S.XXXXXX,就把他丟進Google找一找,就發現了這個功能,他可以下載該專利的專利書,專利書中也有一些培養的資訊,跟一些研究的數據,對於一些只有專利沒有文獻的研究,是很重要的參考資料,另一個就是在用的時候要注意專利的問題,以防以後推廣上有困難,一般專利年限是20+5,最多25年。

營養相關
學營養的人都應該要知道的NRC

其他

化學標準分析法的網站。
一些比較新的生物名詞都有
台灣的菌種中心,需要買菌可以來這,比較便宜
美國的一個菌種中心,東西比較多,除了菌,還有培養基的資訊。
有時候英翻中也會困擾人,有些專有名詞是有固定說法的。
並不是所有的碩博士論文都會發表,在這都可以找到。
想要了解台灣的畜牧現況,請來這邊查。

【研究】1.01 研究工具篇:找尋文獻

很多研究生面臨的第一件工作就是找文獻。
書本是提供知識的一個重要捷徑,所以相關書籍是妳第一個可以去搜尋目標。

圖書館

搜尋相關書籍第一個當然是找上學校的圖書館。
在台灣你還可以找上國家圖書館,還有中央研究院圖書館
另外大多數的學校圖書館都有跨館借書的服務。
另外萬能的Google大神也有提供圖書搜尋的服務,目前還是Beta版,之後應該會更完善吧。
但已經很好用了,有些書籍在取得授權後,甚至可以在線上閱讀,但目前解析度都不是很好。

雖然書籍是個很好參考資料,但即使是今年出的書,也是數年前的研究發現,更不用說那些十幾年前的書,累積的是上半個世紀的知識,這也是為什麼需要搜尋較新Paper的原因。
要搜尋paper首先要挑資料庫,因為我們是生物醫學領域,目前最大的資料庫是PubMed
他是NCBI中的一個部份,可以利用關鍵字搜尋,也可以使用其他作者或年代等等。
我個人認為在PubMed裡最方便的是他會將review分出來,在剛開始接收資訊中,review是一個不錯的方式,他就像一本小書,把近幾年相關的研究統整起來,有相關領域大師級人物寫出來。
由PubMed找到的文章,點進去大多都有摘要,但不一定有全文。
許多期刊會提供免費的全文下載(連結匯出現在摘要那一頁的右上角),但也有部份需要付費。
基於全台灣最受照顧的學生,台大買了很多電子期刊。
有些付費期刊妳在點全文下載時,如果妳在台大網域內,妳就會直接繞進去,就可以下載。
但有些網站無法做到這項服務,因此妳可能必須到圖書館網頁,搜尋該本期刊,由圖書館的連結連出去。
另外一種情形就是根本沒有電子期刊,你就必須去查查圖書館是否有買紙本,可能就需要跑圖書館一趟。

PubMed裡的期刊,大多都是SCI的期刊,因此他是有經過篩選的,而且他只有生物醫學領域的相關期刊,如果你是社會科學領域,我就完全不知道建議你選哪個資料庫,或者你今天想找的只是一篇研討會的報告,或只是研究成果並不一定有發表,這些東西找的到嗎?
這時候又要稱讚一下Google大神,有一個新的服務,Google Scholar,雖然他也是Beta板,但已經非常好用了。
你所搜尋到的都是一些學術相關的資料,所以不會像是只用Google搜尋,有幾萬筆。
一些沒有發表的文章也會在這找的到,但要使用這樣的資料要很小心,必須要自己判斷其正確性。因為沒有通過期刊把關的文章,可信度相對就會低一點。
通常能找到這樣就差不多讀不完了,如果沒有找到可能是關鍵字的問題,可以多試幾個關鍵字,交叉搜尋,或是由paper後面的reference找相關paper。
大概就是這樣了,下一單元再來講一下,其他有用的網站。



星期一, 11月 17, 2008

【研究】1.00 研究工具篇:序論

看到了研究生2.0後,心中也浮現著想要把自己所知的一些事情,跟大家分享。
也許是野人獻曝,也許是以井窺天,但或多或少都是一些經年累月的經驗。
希望對於要進入研究領域的人們有所幫助。
但其實懂得也有限,目前規劃了幾個單元

1.00 研究工具篇
         介紹一些實用、常用的軟體,或一些網站資訊等

2.00 sas基礎篇
         其實我也只會基礎,但對於動物學領域,大多都夠用了。

3.00 試驗設計篇
         大家也許都學過統計,但對試驗設計也許還很陌生。
         為了避免每次都要跟前來協助的人解說一次,乾脆都寫在這吧

就讓我們開始上課吧!各位同學。

星期日, 11月 16, 2008

【分享】誤闖實驗室的澱粉指示劑

活蹦亂跳的小傢伙,闖入了我實驗室的櫃子。
一包上個實驗用的米,放在櫃子裡,忘了拿出來。
櫃子門也忘了關上。
就因為這樣,引發了最近晚上實驗室的驚呼。
常常有老鼠從櫃子裡跑下來。
這一次,有隻落單的老鼠。
他叫“澱粉試劑“,恰如其名,他正在幫我們做澱粉的測試。

平常的過街老鼠,靜靜的在櫃子裡,近距離的接觸。
也不就跟平常養的寵物鼠一個樣,不忍心,就讓他離去了。
澱粉試劑,實驗做完囉,別在回來了。

【生活】紫紅色的晚霞

撒落在西方的天空。

自從上研究所之後,假日還待在學校似乎沒那麼特別。
平常日人來人往,會有上班的忙碌,匆促的錯覺。
假日時,會有一種靜謐的氛圍。
慵懶的步調,一杯咖啡,一壺茶。
一本書,一份paper,以自然的腳步,輕輕的踏著。
時間似乎慢了下來。

一天又要過去了,一個禮拜又來了,踏出實驗室。
看到這樣紫紅色的彩霞,才發現似乎很久沒拍照了。
依樣的地點,依樣的方向,拍了很多次,但每次都有著不一樣的心情。
空中的雲,輕輕飄。
沾了紫、染了紅。
在天邊,送走了多采的一天。
迎來了一夜的黑。

【學業】研究生2.0

http://newgenerationresearcher.blogspot.com/
一個對研究生非常實用的Blog
由兩位研究生共同撰寫,不論是社會科學或自然科學領域,有一些研究生都會遇到的問題,一些實用的程式。
看到之後雖然很多我都已經知道了,但回想起當初也是費了一番功夫才了解。
如果當初也有這樣的網站(也許有,只是我不知道),可以省下不少時間。
也許有些人會抱著有些事就是需要自己去學習,自己去了解。
但我抱持著另一個看法,時間事珍貴的,尤其像是軟體程式這一類的東西,日新月異,與其花時間跟他培養感情,不如直接切入核心,拿取自己想要的東西。
也許偷懶,也許走捷徑,但在資訊爆炸的現在,能在最短時間獲得最多的資訊已經是無法避免的問題。
也許這跟team work很接近,只是你的team是net上一些善心人士,一些資訊。
就像wiki,奇摩知識家一樣。
我認為分辨資訊的真假,比去吞了一堆資訊重要很多。
無論從哪裡得到的資訊,必須懷著懷疑的態度去面對他,仔細的咀嚼,去判斷。
永遠的存疑,才不會讓自己有所偏頗。
人總是偏的,只能讓自己盡力的走在正確的道路上。
往真理前進。




ps.但真理在哪呢?Who knows?

星期五, 11月 14, 2008

【學業】放榜

當然不是我放榜。
每年到了這個時間,甄試的季節。
就會看到幾個原本青春歡笑的大學生。
眉頭深鎖,或是夜了,仍然在研究室,出現在系館。
寫著考試用的計畫書,讀著增加知識背景的文獻。
已經想不起來當初準備甄試時的自己。
對於放榜倒是有著深刻的記憶。
每次考試結束,都想以最快的時間知道結果。
不論考的好或壞,都想知道。
僥倖或實力,幸運與帶屎,都是考試的一部份。
大家都說是考試是相對公平的工具,測驗才能衡量一個人知的多少。
但現在考試都被過分的重點化了。
每次去補習班,就會有學生說他要好好用功,這次考第幾名,媽媽就答應他買新手機。
也有學生想要Wii就跟媽媽盧,媽媽說:買了你們就不讀書了(媽媽真中肯!)。
我不反對用利誘的方式鼓勵小朋友,但小朋友的價值觀會扭曲的。
即使是半大不小的的大學生也是。
你有想過為什麼要念研究所嗎?你知道研究所能給你什麼嗎?
你想過大學畢業生與高中生的差異,成熟?!學識?!還是認識了多朋友,社會化多一些。
但我們總會知道,大學生會比高中生來的優秀,畢竟多學了4年。
那研究生跟大學生的差異呢?你進來兩年,你希望有什麼樣的成長?
考上縱然值得開心,但對於現在文憑主義下的社會觀,我感到困惑。
如果這兩年真的那樣必要,為什麼不直接大學讀六年。
往下看,如果大學也是必讀,那就來個16年國教吧!
讀書不等於好生活、好日子、能賺錢。
真搞不懂,明明很多人不愛唸書,卻一直待在學校。
懷抱著高學歷﹦高收入﹦高就業機會的迷思。
碩士學歷不代表一帆風順,博士更不是。
還是要恭喜我認識的新科研究生,歡迎你們。
如果你喜歡研究,恭喜你,這是個磨練的開始。
如果不是,這將會是磨難的開始。
^__^別太緊張,不論如何,希望離開時,能夠有著滿滿的收穫。
共勉之。

星期五, 11月 07, 2008

【心情】情緒是一種能量

腦袋瓜裡轉阿轉的一些想法,他是實際存在的嗎?
還是只是虛無飄渺的奇怪東西。
讓我想到的,他一定是種能量。
不帶有質量,不佔據空間。
卻有辦法影響一個人的一言一行。
影響生理,影響著生活。
很難去控制他,頂多壓抑他,讓事情就像是沒有發生一般。
淡淡的過去。
唯一的解藥是時間,利用時間慢慢的沖淡他。
生活中,常常會被牽動著,自己的情緒。
跟著另一個人起伏,就像是沒有心的殼。
充填著另一個,無法掌控的心。
想法、意念在眼神、言語間流竄。
在每一個想念的時刻。

星期六, 11月 01, 2008

【籃球週報】傷兵名單

一個腳滑,讓左手代替腳支撐了身體的重量。
於是我進入了傷兵名單。
這次傷的挺重的,左手腕一塊塊大大小小的瘀青。
手不太能出力,腫的手都彎不起來。
經過幾天冰敷,漸漸消腫,黑青也慢慢浮起來。
手也漸漸回復原來的樣子,除了那黑一塊紫一塊的。
可以動了,但一出力,感覺就像是在拉扯肌肉般的疼痛。
一條深埋在肌肉底層的不知名組織。
痛到心中只有XXX。
很多東西,一但不能做了,就會想念。
一但想念,手就癢了。
但這一次,似乎真的很不單純的傷,讓我也不得不乖乖休息。
每個人看到我都嘆口氣,怎麼這麼不小心阿!有必要打成這樣嗎?
必不必要我不知道啦,只是從小到大打球,身上總是會出現大大小小的傷。
為了避免一些直接的撞擊,緩衝掉一些力量,讓我常常在地上滾來滾去。
為什麼要這麼拼命?我也不知道。
只知道想要投進這一顆球,想要打好每一顆球。
也許就是這樣單純的渴望,才能現在還在球場上廝殺。
慾望兩個字似乎總是不好的。
但我視他為前進的動力,成往成功的墊腳石。